早在2000年，航鹏公司就引进ISO9001质量管理体系，成为行业中首家通过第三方认证的企业。随后又建立了ISO14001环境管理体系和ISO45001职业健康管理体系，目前公司根据相关法律法规和标准建立了以下管理体系和文件：

1、《质量环境职业健康安全防污染管理体系》；

2、《船舶安全营运和防污染管理体系》； 

3、《海上突发污染事件应急清污处置预案》；

4、《海上突发污染事件污染清除作业方案》；

5、《海上突发污染事件污染物处理方案》；

6、《安全生产事故应急预案》。

这些管理软件的建立为航鹏公司在经营管理和生产作业、应急清污处置方面奠定了扎实的基础，规范了生产作业和应急清污作业，消除了安全隐患，保证工作效率。值得一提的是航鹏公司自成立以来，安全事故率为0。

航鹏公司专业技术人员依据海上应急清污处置等案例，积极研究应急清污处置技术，到目前为此，在国内外发表八篇论文，其中一篇论文在2013年获全国优秀论文奖。